Mặc dầu thành phố Harappa đổ nát đã được biết đến từ lâu và được Charles Masson miêu tả lần đầu tiên vào năm 1844 trong quyển Narrative of Various Journeys in Balochistan, Afghanistan and The Panja của ông như là "một pháo đài xây bằng gạch nung từ đất sét đã bị phá hủy", tầm quan trọng của nó chỉ được nhận biết rất lâu sau đó. Năm 1857 trong lúc xây dựng đường tàu hỏa Đông Ấn từ Karatschi đến Lahore người Anh đã sử dụng gạch tìm thấy trên một cánh đồng đổ nát gần Harappa để củng cố con đường tàu hỏa này. Vì thế mà tình trạng các di chỉ còn lại ở Harappa xấu hơn rất nhiều so với ở Mohenjo-Daro. Mohenjo-Daro cũng được biết đến từ lâu nhưng ở đấy người ta chỉ quan tâm đến những phần còn lại của một tu viện Phật giáo từ thế kỷ thứ 2 sau Công Nguyên được xây dựng trên những đống đổ nát cũ. Trong năm 1912 J. Fleet tìm thấy trong vùng đất thuộc địa Anh ngày xưa nhiều con dấu với chữ viết chưa được biết đến, thu hút sự quan tâm của giới khoa học tại châu Âu. Tiếp theo đó, trong những năm 1921-1922 nhiều khai quật đã được thực hiện dưới sự lãnh đạo của Sir John Marshall tại Harappa, Mohenjo-Daro và nhiều nơi khác. Nét giống nhau của hai thành phố được khai quật đã nhanh chóng cho thấy một nền văn hóa phát triển cao chưa được biết đến vừa được khám ra. Cho đến 1931 tại Mohenjo-Daro hơn 10 ha của thành phố đã được khai quật, sau đấy chỉ còn những khai quật nhỏ, trong đó là cuộc khai quật năm 1950 của Sir Mortimer Wheeler. Sau khi thuộc địa Anh được chia cắt năm 1947, khu vực dân cư của văn hóa Harappa được chia thành một phần thuộc Pakistan và một phần thuộc Ấn Độ. Sau đó, tại Pakistan, người Mỹ, người Pháp, người Anh và người Đức đã cùng với những nhà khảo cổ học người Pakistan tiếp tục công việc nghiên cứu trong khi tại Ấn Độ là ngành khảo cổ học Ấn. Đã và đang có nhiều ảnh hưởng lớn đến công cuộc nghiên cứu nền văn hóa song Ấn, bên cạnh những nhà khảo cổ học khác, là người Anh Aurel Stein, người Ấn Nani Gopal Majumdar và người Đức Michael Jansen.